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一个鸡生蛋蛋生鸡的问题解答:可能是最早的自我复制者

本帖由 漂亮的石头2015-08-27 发布。版面名称:知乎日报

  1. 漂亮的石头

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    [​IMG]
    生命起源:寻找第一个自我复制者

    [​IMG] 吴亮,非典型INTP

    对于生物演化,很多人的印象可能就是,鸡生蛋蛋生鸡,一代一代繁衍一代一代变异,在自然选择的作用下变得更加高等更加复杂。这里先不讨论后面如何变异选择的问题,单看鸡生蛋蛋生鸡这个过程,总是不禁让人疑惑,那一个蛋是从哪里来的呢?或者说,第一个生命是怎么来的呢?还有,它诞生以后是怎么复制出自己的呢?

    我们都知道,生命的基本构成是 DNA 和蛋白质。DNA 先转录成 RNA,RNA 再翻译出蛋白质,蛋白质再帮助 DNA 自我复制。在生命起源之初的原始汤中,这三种因素显然不能都配备齐全。要解开的谜并非仅限于第一个蛋白质分子和第一个核酸分子(DNA 或 RNA)怎样产生,同时也包括它们怎样共同发挥作用。因为惟独这两种分子共同发挥作用,生物才可能在地上生存。要知道生命起源于 40 亿年前,这两种分子最初彼此紧密合作,似乎已经是一个解不开的哑谜。

    1953 年,在米勒 - 尤里模拟早期地球环境的实验中,发现基本的几种氨基酸竟然可以从无机环境中自然生成。后续的一些实验又陆陆续续合成出了构成核酸分子的关键分子:嘧啶。尽管另一种关键分子——嘌呤,还没有被合成出来,但我相信也为时不远。这两种名字很奇怪的分子,分别长这样:

    [​IMG]

    最左边就是构成 RNA 的四种碱基:腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)。右边构成 DNA 的四种碱基,除了尿嘧啶(U)换成了胸腺嘧啶(T),其他都一样。

    后来人们发现,RNA 原来也有催化化学反应的活性,尤其是还有把碱基连接成核酸的功能。这样一来,RNA 似乎就具备了生命复制的两个要素:储存遗传信息和催化化学反应。看起来我们似乎距离生命的起源近了一大步,可仍然有一个关键性的问题没有解决:它是如何复制自己的呢?要复制和自己一模一样的分子,至少要先有一个模版和催化碱基链接的催化剂。可自己就是模版和催化剂,又不能分身,上哪儿去找一个跟自己一模一样的分子呢?

    对逻辑学有点了解的同学就会知道,自我指涉总是很容易引出问题的。此时你可能会想到 quine programs,也叫"self-replicating programs",比如说这个:


    s = 's = %r\nprint(s%%s)' print(s%s)

    这段 python 代码的输出即为代码自身。这其中的技巧是在字符串中包含代码信息,然后再将代码字符串输出两次。这一自我复制,是代码、解释器和 CPU 共同努力的结果。

    但是对 RNA 来说,可没有什么 CPU 和编译器供它利用,能利用的只有自己。如果我们计算一下它的大小,会发现一个碱基的分子量只有 300 左右。100 个碱基连在一起,分子量也只有 30000,也就是说一个分子只有大约 [​IMG] 克。这么小一个分子,如何能够复制自己呢?

    答案就隐藏在碱基互补配对中。

    假设一下,如果一段 RNA 恰好能够催化与自己配对的反义 RNA 合成,然后这一段反义 RNA 恰好又能够催化自己合成,那是不是就可以了?

    2009 年发表在 Science 上的论文,Self-sustained Replication of an RNA Enzyme,正是这么做的。他们在试管中重现了最早的 RNA 复制过程。

    [​IMG]

    图 A,E‘是一段 RNA 链,与它互补配对的是 A 和 B,而 E‘能够催化 A、B 连接为它的互补链 E。反过来,E 又能催化 A’和 B’连接为互补链 E‘。经过这样一个循环,E‘最终实现了自我复制。

    [​IMG]

    图 B,E’和 A、B 的结构,曲线箭头即为 A、B 的连接处。整个 E‘分子才不到 70 个碱基。注意方框内的 G-U 配对,这一对并不是互补的,因此会有 wobble(摇摆),刚好产生催化活性。

    完成这一最初始的复制过程后,合成出来的新的分子就能继续复制自己,, 几小时内就能扩增至原来的 10 倍。100 个小时后复制分子的总数扩增了 10^23 倍。就像这样,地球上最原始的生命诞生了。

    参考文献:

    Lincoln, Tracey A.; Joyce, Gerald F. (27 February 2009)."Self-Sustained Replication of an RNA Enzyme". Science(Washington, D.C.: American Association for the Advancement of Science) 323 (5918): 1229–1232.

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    发自知乎专栏「发现事物的乐趣
     
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